Вероятно, причина в том, что в аккаунте Яндекс.Директ могут присутствовать utm-метки для Adwords. А также наоборот - в аккаунте Adwords могут присутствовать utm-метки для Яндекс.Директ. Проверьте ваши рекламные аккаунты на корректность utm-меток в объявлениях