В данном случае вам необходимо создать отдельную загрузку для каждого магазина. Отличия между загрузками будут в 2-х параметрах: загружаемый магазин в retailCRM и фильтрация по домену. В поле "Фильтрация по домену" укажите домен как в рекламном аккаунте. Расходы в выбранный магазин в retailCRM загрузятся только для указанного домена