Если в заказе стоит способ оплаты наложенный платеж и в заказе стоимость доставки не равна нулю, то при активной галке в настройках синхронизации итоговый наложенный платеж будет равен сумме стоимости доставки и стоимости заказа. 

Если товар был оплачен, а доставка нет -  наложенный платеж будет равен стоимости доставки.