Если в RetailCRM по рекламному каналу отображается одна сумма, в рекламной площадке - другая, при этом общая итоговая сумма за период совпадает, то наиболее вероятно, причина в том, что в аккаунте Яндекс.Директ могут присутствовать utm-метки для Adwords. А также наоборот - в аккаунте Adwords могут присутствовать utm-метки для Яндекс.Директ. Проверьте ваши рекламные аккаунты на корректность utm-меток в объявлениях.