Если в заказе стоит способ оплаты наложенный платеж и в заказе стоимость доставки не равна нулю, то при активной галке в настройках синхронизации итоговый наложенный платеж будет равен сумме стоимости доставки и стоимости заказа.
Если товар был оплачен, а доставка нет — наложенный платеж будет равен стоимости доставки.