Ваш аккаунт Яндекса, который добавлен в качестве пользователя к счетчику Яндекс.Метрика имеет права только на чтение.
Для сохранения настроек синхронизации необходимо иметь права владельца или на редактирование.
Поменяйте права в настройках счетчика и сохраните синхронизацию заново.